平成23年度から開始したTSUBAMEグランドチャレンジ大規模計算制度（無償利用）では、世界トップレベルのTSUBAMEのピーク性能をフル活用する機会を確保することを目的としており、この制度を利用した課題の二つが平成23年度にスパコンの分野での最高栄誉と言われるゴードンベル賞・特別賞（本賞）と奨励賞を受賞するなど多くの実績を残しております。
これまでTSUBAME2.0, 2.5にて実施してきた本制度は、平成29年度秋期からはTSUBAME3.0において引き続き実施します。平成29年度秋期は、全ノードを用いた大規模計算のピーク性能(計算速度)を目指す課題(カテゴリＡ、10月)の公募を行います。平成29年8月に稼働開始した TSUBAME3.0 のピーク性能(倍精度12.15 PFLOPS, 単精度 24.3 PFLOPS, 半精度 47.2 PFLOPS）を生かして初めて可能となる挑戦的な研究課題のご提案をお待ちしております。
TSUBAME3.0