インタラクティブジョブ中にEmacsでファイルを保存しようとすると画面が固まってしまう

既定の端末設定では特定の入力文字によるフロー制御が有効になっていることが原因です。
フロー制御とは、データ転送において受信パケット速度よりも送信速度が上回る場合などに、受信側のオーバーフローを防ぐために転送を一時保留にする機能です。一般的には、転送の保留には Ctrl+S 、再開には Ctrl+Q が制御文字として使用されます。

インタラクティブ実行中にEmacsで編集し上書き保存する場合にCtrl+Sを入力しなければなりませんが、これはフロー制御文字でもあるためパケットが転送されなくなり、あたかもフリーズしてしまったかのような状態となります。元に戻すには、Ctrl+Q を入力してください。

フロー制御を無効にするにはインタラクティブジョブ実行前に以下のコマンドを実行する必要があります。

stty -ixon

フロー制御を常に無効にしたい場合は、ホームディレクトリの .bashrc に上記コマンドを追記してください。