ジョブ投入時に「qsub: Unknown option」エラーになりますが、どのオプションが悪いかわかりません

「qsub: Unknown option」エラーは、qsubコマンドのオプション以外にも、ジョブスクリプトの「#$」で始まる行の記述に誤りがあるときにも発生します。
よくある間違いとして「=」で内容を指定するオプションの「=」の前後にスペースを入れた場合にこのエラーが繰り返し表示されます。「=」前後のスペースを削除してみてください。