An announcement of the workshop held in the spring of 2021

Target

All students, faculty and staff of Tokyo Institute of Technology who have a TSUBAME account.

* Introduction to TSUBAME(Linux basics) (Okayama),  Introduction to TSUBAME(Linux basics) (Suzukakedai),  Introduction to TSUBAME(Linux basics) , GPU programming, Parallelization programming,How to use TSUBAME3, TSUBAME3 storage,Gaussian/GaussView.
Regardless of whether you are an official of Tokyo Tech or not, all those who have TSUBAME account can participate in the above.

Notes

  • TSUBAME's account is required to attend. If you do not have an account yet, please see how to acquire this account.
  • If you do not set the password in TSUBAME portal beforehand, you can not log in to the terminal installed at the workshop venue.
  • Please be sure to inform us if you can not participate after applying. If it was absent at the start time without contacting, you will be automatically canceled. If canceled without contact, we will refuse to attend the workshop after that.
  • Regarding the seminars closed when the number reaches the maximum number, if participants on the day can afford due to cancellation, participation on that day is possible on a first-come-first-served basis.If you wish to participate, please come to the venue by the start time.
  • The application course is based on the assumption that you have learned basic file operations such as Linux. Questions on the basic operation about the course may interfere with the progress, so please be sure to attend Introduction to TSUBAME(Linux basics) primer before you are confident.

How to apply

Please read through the notes above and apply from the workshop application form.

We will send you an acceptance confirmation email from the center once accepted. If you make a mistake in the email address, you will not receive an acceptance confirmation email. If you do not receive the receipt confirmation e-mail even after several days please apply again.

Acceptance will be on a first come, first served basis.

Application will be until the day before each date. However, each seminar will be canceled if there are not more than three applicants for participation one week before the opening day.
(If the day before the opening date is a holiday, it will be canceled if there are not more than three applicants at the latest business day before the holiday.)

The number of current applicants can be confirmed from here.

 

スケジュール

All lectures not specified clearly held in English will be conducted in Japanese.

日時 講習会タイトル 会場 人数 内容
4/13（火） 14:20-16:20
 ※1, ※2		 TSUBAME利用法 入門編(Linux基礎)(大岡山) 学術国際情報センター 3階
第1実習室		 20

※4/13（火）、4/19（月）、5/14（金）、6/16（水）は同じ内容です。
4/14（水） 14:20-16:20 Introduction to TSUBAME(Linux basics) Computer room 1 on the 3rd floor in GSIC Center 20

＊This lecture class is conducted in English.

＊On April 14 (Wed.), May 20 (Thu.), and June 11 (Fri.), it will have the same content.
4/19（月） 14:20-16:20
 ※1, ※2		 TSUBAME利用法 入門編(Linux基礎)(大岡山) 学術国際情報センター 3階
第1実習室		 20

※4/13（火）、4/19（月）、5/14（金）、6/16（水）は同じ内容です。
4/20（火) 14:20-16:00 Mathematica オンライン開催 20

※テキストの電子配布あり

＜講義内容＞
1.導入
2.基礎
3.数式処理・数値解析
4.データサイエンス
+質疑応答
※ 内容は一部変わる可能性がございます。

ホームユーズライセンス等ですでに Mathematica をご利用できる方は、
そのまま Mathematica をご利用ください。
Mathematica をご利用できない方は、Wolfram Cloud を使って受講してください。
Wolfram Cloud をご利用になるには、事前にアカウント（Wolfram ID）の作成が
必要になります。

- Wolfram Cloud
https://www.wolframcloud.com/

- Wolfram User Portal サイトを利用するには（Wolfram ID の作成）
https://www.hulinks.co.jp/support/mathematica/20161020.html
4/21（水） 14:20-16:20 TSUBAME3利用法 オンライン開催 20

※講義のみ

＜講義内容＞
TSUBAMEでのジョブ投入の基本的なやりかた
コンテナの基本的な使い方
ストレージ/Lustreの効率的な利用方法
Jupyter Lab/Webサービス利用方法
4/22（木） 14:20-16:00 Gaussian / GaussView オンライン開催 20

※講義のみ

 ＜講義内容＞
〇はじめに
　- Gaussian 概要
　- GaussView 概要
　- 計算化学プログラム
〇使用するファイル
　- ファイル一覧
　- 入力ファイル詳細
　- 出力ファイル詳細
〇計算化学の基礎
　- 構造最適化（安定状態と遷移状態）
　- 溶媒効果
〇その他の話題
　- DFTにおける長距離補正/分散力補正
　- よく使うキーワード
　- 最新版の情報

4/23（金） 14:20-17:55
 ※1, ※2

 並列化プログラミング オンライン開催 20

＜講義内容＞
計算の高速化を行いたい方やインテルコンパイラーを
用いた最適化を学びたい方が対象です。
・コンパイラーの主要な最適化オプション概要
    -ループの最適化
 　-ベクトル化
 　-プロシージャ間の最適化など
・コンパイルレポート等を用いた最適化方法
・MPI/マルチスレッド対応デバッグ手順
・最新 OpenMP 規格の概要と使い方
4/26（月） 14:20-16:00 Schrodinger オンライン開催 20

※受講者PCにアプリをインストール（Windows10/Mac）、デモライセンスを発行（3日間有効）

＜講義内容＞
・Maestro 11の基本操作: 各種可視化・描画機能、重ね合わせ機能、解析機能の紹介
・Protein Preparation WizardによるPDBからのシミュレーション用モデルの準備
・2Dリガンドデータベースからドッキング用に最適化された3次元構造データの準備
・Glideによるドッキングスタディー
・各種ドッキングポーズの解析機能について
4/27（火） 14:20-17:55 COMSOL オンライン開催 20

※オンライン開催の準備のため4/20（火）の15:00までに申し込みください。

＜講義内容＞
初心者・初級者を対象に、入門レベルの課題を通じて複数の物理現象を組み合わせたシミュレーションを学習します。
 
COMSOLは、電磁場/構造/熱流体/化学反応など物理分野を問わず、同じ操作でモデリングが可能です。本講習で基本的な操作方法をご習得いただければ、ご自身のご研究分野の解析にご活用いただけます。
 
オンラインで講師の画面を見つつ、実際に操作をして頂きますので、デュアルモニターでのご受講をお勧めいたします。
 
受講者PC動作要件：https://kesco.co.jp/service/comsol/system_r/#all
4/28（水） 14:20-17:55 LS-DYNA オンライン開催 20

※紙媒体でのテキストを事前配布（学内便での送付可）

＜講義内容＞
LS-DYNAの概要説明を交えながらLS-DYNAに付属しているプリ・ポスト
システムであるLS-PrePostを用いた実習を行います。

1.LS-PREPOSTによるメッシュ作成
2.LS-DYNAの解析条件設定と実行
3.解析結果の確認
4/30（月） 14:20-17:55 AVS オンライン開催 20

※事前にPDFの資料、アプリケーション(AVS/Express)、デモライセンスの提供（専用サイトから事前ダウンロード）

＜講義内容＞

5/6時限　14:20-16:00　（第一部）
・AVS/Express の概要
・AVS/Expressの基本操作
・基本可視化（断面表示、離散点表示、等値面等）

7/8時限　16:15-17:55　（第二部）
・可視化結果を画像、動画として保存する
・流体データの可視化（矢印、流線、粒子アニメーション）
・分子データの可視化（Gaussian, PDB, LAMMPS, VASP の表示

※第一部のみ、第二部のみの参加も可
　5/10（月） 10:00-17:00 MSC Nastran/Patran オンライン開催 10

※オンライン開催の準備のため4/22（木）の15:00までに申し込みください。（アプリを受講者PCにインストール(Windows10のみ)）

※紙媒体でのテキストを事前配布（学内便での送付可）

＜講義内容＞
[概要]
初めて有限要素法を利用する方を対象に解析のイメージをつかんでもらいます。
Patran(プリポスト)の操作と、MSC Nastran(ソルバー)での解析実行を演習します。

[内容]
・有限要素法概要
・線形／非線形構造解析の基礎
・振動解析の基礎
・Patranの機能と特徴
・MSC Nastranの機能と特徴
・応力解析実習
・固有振動解析実習
・QA

実習は、Patranの操作説明、形状作成、解析設定、実行、結果表示を含み、
一連の流れで構造解析が実施できる内容となっております。初めての方でも、
画面やテキストを見ながら操作が可能です。
5/11（火） 10:00-17:00 Discovery Studio オンライン開催 20

※オンライン開催の準備のため4/19（月）の15:00までに申し込みください。

※紙媒体でのテキストを事前配布（学内便での送付可）

※講義のみ

＜講義内容＞
各項目では、説明とデモを行い、および時間の許す限りでQ&A

10:00－12:00 General Introduction and Discovery Studio Client（Discovery Studioの基本的な使い方）
13:00－14:20Protein Molecular Dynamics Simulation(分子動力学計算)
14:30－15:40 Protein-Small molecule Docking(タンパク質―低分子複合体予測)
15:50－17:00 Protein Homology Modeling（タンパク質構造予測）
5/14（金） 14:20-16:20
 ※1, ※2		 TSUBAME利用法 入門編(Linux基礎)(大岡山) 学術国際情報センター 3階
第1実習室		 20

※4/13（火）、4/19（月）、5/14（金）、6/16（水）は同じ内容です。
5/18（火） 10:40-17:55 ABAQUS オンライン開催 20

※オンライン開催の準備のため5/6（木）の15:00までに申し込みください。

※紙媒体でのテキストを事前配布（学内便での送付可）

※この講習は講義のみです。

＜講義内容＞
これから Abaqus/Standard とAbaqus/Explicit を使用して線形問題と非線形問題を解析されるユーザを対象としています。
 機能の概要， キーワードによる入力データの作成方法，ジョブの実行方法, 解析で発生する問題の解決方法，Abaqus/Viewerによる後処理，結果の見方などが説明されます。
5/19（水） 10:00-17:00 Materials Studio オンライン開催 20

※オンライン開催の準備のため4/27（火）の15:00までに申し込みください。

※紙媒体でのテキストを事前配布（学内便での送付可）

※この講習は講義のみです。

＜講義内容＞
各項目では、説明とデモを行い、および時間の許す限りでQ&A

 10:00--12:00... Visualizer
 12:00--13:00... Lunch
 13:00--15:00... Forcite Plus/Amorphous Cell/COMPASS
 15:00--15:15... Break
 15:15--16:30... DMol3/CASTEP
 16:30--17:00... Reflex Plus
5/20（木） 14:20-16:20 Introduction to TSUBAME(Linux basics)

 

Computer room 2 on the 3rd floor in GSIC Center

 20

＊This lecture class is conducted in English.

＊On April 14 (Wed.), May 20 (Thu.), and June 11 (Fri.), it will have the same content.
5/21（金） 14:20-16:00 GPUプログラミング オンライン開催 20

※この講習は講義のみです。

＜講義内容＞
タイトル：GPU コンピューティング講習会 ~ CUDA 及び OpenACC による GPU コンピューティング入門

概要： 本講座は、CUDA または OpenACC によるプログラミングをこれから学びたいという方が対象です。
TSUBAME3.0 に採用されている Pascal アーキテクチャを含む、 NVIDIA GPU のアーキテクチャおよび GPU コンピューティングの基礎について概説します。
5/25（火） 10:40-12:20 Maple オンライン開催 20

※オンライン開催の準備のため5/18（火）の15:00までに申し込みください。

※Webから評価版アプリ＆ライセンスをダウンロード

＜講義内容＞
・Mapleとは
・Mapleの基本操作
・グラフの描画
・基本数学
・微積分・積分変換
・線形代数
・微分方程式
・アプリケーション
5/26（水） 10:00-16:00 ANSYS電磁界解析 オンライン開催 20

※オンライン開催の準備のため5/12（水）の15:00までに申し込みください。

※受講者PC(Windows10)を使用して実習、PC環境が整っていない方は聴講のみ、アプリケーション配布あり、テキスト電子配布

＜講義内容＞
ANSYS HFSS / ANSYS Q3D Extractor / ANSYS Maxwell 3D のいずれかを初めて使用するユーザー様向けです。Desktop（ANSYS HFSS / ANSYS Q3D Extractor / ANSYS Maxwell 3D 共通）で使用される基本概念と用語について学習します。基本例題を使ってモデルを作成し、各種設定から解析までの流れを習得します。

セミナー内容
ANSYS HFSS / ANSYS Q3D Extractor / ANSYS Maxwell 3D の基本機能
・ 解析手法とアダプティブオートメッシュ
 ・ 設定と解析の流れ
解析モデルの作成
・ Desktop 画面構成
・ プロジェクト
 ・ 基本形状の作成
・ 図形の移動・コピー、演算
・ モデルインポートとその修正
・ 材料特性の設定
・ 境界条件
・ 解析設定

また、こちらの参加者にはアンシス・ジャパン（株）の電磁界解析（HFSS、Q3D、Maxwellの
 いずれか一つの定期コースにご参加可能です。（先着順）
5/27（木） 10:00-17:55 ANSYS構造解析 オンライン開催 20

※オンライン開催の準備のため5/12（水）の15:00までに申し込みください。

※受講者PC(Windows10)を使用して実習、PC環境が整っていない方は聴講のみ、アプリケーション配布あり、テキスト電子配布

＜講義内容＞
構造解析では、様々な外力や内力により構造物の状態を定量的に把握し分析します。
本セミナーでは、ANSYS Mechanicalを用いて構造解析を考えていらっしゃる方を対象に、
解析設定から結果評価までの操作を体験いただけます。

セミナー内容
ANSYS Workbenchの説明
ANSYS Mechanicalでのプリプロセス（ジオメトリの読み込み、接触設定、メッシュ設定）
ANSYS Mechanicalでの解析設定（静的線形解析、固有値解析、伝熱解析、連成解析）"

5/28（金） 10:00-17:55

 ANSYS流体解析 オンライン開催

20

※オンライン開催の準備のため5/12（水）の15:00までに申し込みください。

※受講者PC(Windows10)を使用して実習、PC環境が整っていない方は聴講のみ、アプリケーション配布あり、テキスト電子配布

＜講義内容＞
流体解析では、いくつかの演習を通してANSYS Fluent の基本機能の習得を目標とします。また、モデリング上の注意事項、CFD 解析の基本手順などについてもご説明いたします。

セミナー内容
ANSYSプリ製品、ANSYS Fluent、ANSYS CFD-Post の基本的な入出力操作
ANSYS Fluent の機能紹介
ソルバー設定、物性値、境界条件
乱流モデル、伝熱
5/31（月） 14:20-17:55 Amber オンライン開催 20

※講習会終了後、希望者にテキストを紙媒体で配布

※この講習は講義のみです。

＜講義内容＞
分子動力学計算概要
・ペプチド構造の構築
・構造最適化と分子動力学計算
　－実溶媒中
・計算ログ解析
・トラジェクトリー解析
・実例紹介（電子ノートブックなど）
・Q&A
6/11（金） 14:20-16:20 Introduction to TSUBAME(Linux basics)

 

Computer room 2 on the 3rd floor in GSIC Center

 20

＊This lecture class is conducted in English.

＊On April 14 (Wed.), May 20 (Thu.), and June 11 (Fri.), it will have the same content.
6/16（水） 14:20-16:20
 ※1, ※2		 TSUBAME利用法 入門編(Linux基礎)(大岡山)

学術国際情報センター 3階

第1実習室

 20

※4/13（火）、4/19（月）、5/14（金）、6/16（水）は同じ内容です。

※1  講義内容は同じなので、どれか1日の参加で結構です。

※2  受講申込者が１人以上で開催されます。