TSUBAME上でRのV8、rstanをインストールしたい

TSUBAME上でRのV8、rstanをインストールするには以下のようにして下さい。

※確認したバージョンはV8: 3.4.2、rstan:2.19.3です。

　それぞれ依存パッケージが多数ありますが、それらは問題なくインストールできるかと思いますのでダウンロードしてR CMD INSTALLLで依存パッケージをインストールしてから行って下さい。

 

* V8

 

$ module load gcc cuda openmpi r v8

$ R CMD INSTALL -l ~/Rlib /path/to/V8_3.4.2.tar.gz

 

* rstan

 

$ module load gcc cuda openmpi r

$ mkdir ~/.R/

$ vi ~/.R/Makevars  <---- 以下を記入

CXX14FLAGS=-O3 -Wno-unused-variable -Wno-unused-function
CXX14 = g++ -std=c++1y -fPIC

$ R CMD INSTALL -l ~/Rlib rstan_2.19.3.tar.gz