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2020年度のTSUBAME運用を開始しました (変更点一覧)

2020.04.07

本日17:00頃に2020年度のTSUBAME運用を開始しました。主な変更点は以下の通りです。

  1. (学内) 財務会計システムの更新に伴い、支払いコード申請時に入力する内容の再確認をお願いします
  2. システムソフトウェアのバージョンおよびアプリのデフォルトバージョンが変わりました
  3. 資源タイプf_nodeのメモリ量上限が235GBに変更されました
  4. ユーザ当たりの同時利用可能な資源量の上限値が変更されました
  5. Dockerコンテナを用いたジョブ実行を一時的に無効化しました
  6. TSUBAMEポータル経由でJupyter Labが利用できるようになりました (4.13公開)
  7. 2019年度の競争的資金や共同研究契約に基づいた研究による利用の申請の受付を開始しました
  8. 進学等で学籍番号が変更となる場合、ログイン名が変更となります

1. (学内) 財務会計システムの更新に伴い、支払いコード申請時に入力する内容の再確認をお願いします

支払コード申請時の予算コードおよび予算名称は以下の手順で取得してください

  • 新物品等請求システムにログイン
  • 予算管理 を選択
  • 予算執行状況確認 を選択
  • CSV作成 を選択
  • 出力されたCSVファイルの「予算コード」(32桁)および「予算名称」を転記

予算コードの桁数が多く、システム上の表示をコピー&ペーストする際に先頭や末尾が切れる可能性がありますので、上記方法での取得をお願いいたします。

また、新型コロナウィルスに伴う出勤停止期間中は一部の予算コードについて実在確認を保留して承認する場合があります。事後の修正が不要となるよう、正確な申請をお願いいたします。

2. システムソフトウェアのバージョンおよびアプリのデフォルトバージョンが変わりました

OSをSLES12SP2からSLES12SP4へアップグレードします。環境が大きく変わりますのでSP2の環境でコンパイルしたプログラムはSP4で再コンパイルすることを強く推奨します。MPIプログラムの場合は再コンパイルは必須となります。

システムソフトウエアの変更リスト

  メンテナンス前 メンテナンス後
OS SLES12SP2 SLES12SP4
UGE 8.5.4C104_11 8.6.10
OPAドライバ 10.9.0.1 10.10.0.0
GPUドライバ 418.87.01 440.33.01
Lustre 2.7.21.3 2.12.3

アプリケーションの変更リスト

  • Javaのサポートポリシー変更に伴い、Oracle JDKからOpenJDKに移行します
    従来のOracle JDKの古いバージョンはセキュリティ上の問題を含むとのことですので、削除いたしました。
    今後はOpenJDKをご利用ください。
  • モジュールロード時にデフォルトで読み込まれるバージョンが変更されたアプリケーション
  メンテナンス前 メンテナンス後
CUDAライブラリ cuda/9.2.148  cuda/10.2.89
Intelコンパイラ intel/19.0.0.117  intel/19.1.0.166
Intel MPI  intel-mpi/19.0.117  intel-mpi/19.6.166
OpenMPI openmpi/2.1.2-opa10.9  openmpi/3.1.4-opa10.10
Arm Forge forge/18.0.1  forge/19.0.5
intel inspector intel-ins/19.0.0.569751  intel-ins/20.0.0.603904
intel itac intel-itac/19.0.018  intel-itac/20.0.015
intel vtune intel-vtune/19.0.2.570779  intel-vtune/20.0.0.605129
PGIコンパイラ pgi/19.1  pgi/20.1
Java (Oracle JDK) jdk/1.8.0_131
jdk/1.8.0_144
jdk/1.8.0_181		 (削除)
Java (OpenJDK) (新規) openjdk/1.8.0.242
Ansys ansys/R19.3  ansys/R20.1
COMSOL comsol/54_u1  comsol/55_u3
Gaussian gaussian16/B01_gpu  gaussian16/C01_gpu
Mathematica mathematica/11.3.0  mathematica/12.0.0
MATLAB matlab/R2018b  matlab/R2020a
Gromacs gromacs/2018.1  gromacs/2019.4
Singularity singularity/2.6.1  singularity/3.4.2
  • OS環境変更によりリビルドされたアプリケーション
    • cp2k/5.1_cuda
    • fftw/2.1.5
    • fftw/3.3.6
    • fftw/3.3.8
    • hdf5-parallel/1.10.5
    • lammps/31mar2017
    • mpifileutils/0.9.1
    • netcdf-parallel/4.7.0
    • openfoam/4.1
    • openfoam/6.0
    • openfoam-esi/v1906
    • paraview/5.0.1
    • paraview/5.2.0
    • python-extension/2.7
    • python-extension/3.4
    • r/3.4.1
    • visit/2.12.3

3. 資源タイプf_nodeのメモリ量上限が235GBに変更されました

詳細はこちらをご覧ください。

4. ユーザ当たりの同時利用可能な資源量の上限値が変更されました :

詳細はこちらをご覧ください。

5. Dockerコンテナを用いたジョブ実行の一時無効化について

システムソフトウェアに不具合があり、Dockerを用いたジョブを実行しようとすると計算ノードがフリーズすることが判明したため、Dockerコンテナを用いたジョブの実行機能を停止いたしました。再開時期は未定です。

Singularityコンテナは引き続き利用可能です。

6. TSUBAMEポータル経由でJupyter Labが利用できるようになりました (4.13公開)

TSUBAMEポータルに「Webサービス起動」機能を追加しました。SSHをすることなくJupyter Labを利用することができます。
詳細はTSUBAMEポータル利用の手引きのWebサービス実行機能をご覧ください。

  • Jupyter Labが起動しない場合はTSUBAMEの ~/.local を一旦別の場所に退避して実行してみてください。
  • その他不具合があれば、お問い合わせフォームよりお知らせください。

7. 2019年度の競争的資金や共同研究契約に基づいた研究による利用の申請の受付を開始しました

手続きの詳細はこちらをご覧ください。

8. 進学等で学籍番号が変更となる場合、ログイン名が変更となります

ログイン名が自動で変更されておりますのでご注意ください。登録したSSH公開鍵等は引き続き利用可能です。

参考リンク：アカウントのログイン名