2021年度のTSUBAME運用を開始しました (変更点一覧)

2021.4.6

本日17:00頃に2021年度のTSUBAME運用を開始しました。主な変更点は以下の通りです。

  1. システムソフトウェアのバージョンおよびアプリのデフォルトバージョンが変わりました
  2. 進学等で学籍番号が変更となる場合、ログイン名が変更となります
  3. 2021年度の競争的資金や共同研究契約に基づいた研究による利用の申請の受付を開始しました
  4. (学内ユーザ向け) インタラクティブジョブ専用キューの使い方が変更になりました
  5. (アクセスカード利用者向け) インタラクティブジョブ専用キューが利用できるようになりました
  6. TSUBAMEポータルからcode-server(VS Codeのweb実装)が使えるようになりました
  7. LAMMPS, CP2Kの利用方法が変更されました
  8. (上級者向け) TSUBAMEポータルのWebアプリケーション実行機能でマルチノードジョブが実行できるようになりました

1. システムソフトウェアのバージョンおよびアプリのデフォルトバージョンが変わりました

システムソフトウェア

  メンテナンス前 メンテナンス後
kernel 4.12.14-95.54 4.12.14-95.65

 

ISV、フリーウェア

  メンテナンス前 メンテナンス後
ansys R20.1 R20.2 (*1)
amber 18up5 20up08 (*1)
comsol 55_u3 56_u1 (*1)
mathematica 12.0.0 12.2.0 (*1)
matlab R2020a R2021a
gromacs 2019.4 2020.4 (*1)
schrodinger Feb-17 2020.2 (*1) 2021.1 (*5)
nvhpc 20.9 21.2
intel compiler 19.1.0.166 19.1.3.304
intel MPI 19.6.166 19.9.304
intel inspector 20.0.0.603904 20.3.0.604771
intel ITAC 20.0.015 20.3.036
intel vtune 20.0.0.605129 20.3.0.612611
intel oneAPI compiler - 21.1.1(*2)
intel oneAPI MPI - 21.1.1(*2)
intel oneAPI inspector - 21.1.1(*2)
intel oneAPI ITAC - 21.1.1(*2)
intel oneAPI vtune - 21.1.1(*2)
forge 19.0.5 20.2.1
clang 10.0.0 11.1.0
cp2k 7.1.0 8.1.0
CUDA runtime 10.2 11.2 (*3)
cuDNN 7.6 8.1
FFTW 3.3.8 3.3.9
gcc 8.3.0 10.2.0
gnuplot 5.2.4 5.4.1
hdf5 1.10.5 1.12.0
imagemagick 7.0.6 7.0.11-1
lammps 9Oct2020 10Feb2021
llvm 3.9.1 11.1.0 (*4)
namd 2.14b2 2.15alpha1
nccl 2.4.2 2.8.4
netcdf 4.7.0 4.7.4
openfoam 7.0 8.0
openfoam-esi v1912 v2012
paraview 5.4.0 5.9.0
petsc 3.9.3 3.14.4
python 3.6.5 3.9.2
singularity 3.6.4 3.7.1
tensorflow 1.12.0 2.4.1
tensorRT 6.0.1.8 7.2.3.4
tinker 8.7.2 8.8.3
tmux 2.7 3.1 (*1)

 

HPCIで整備されたアプリケーション

ABINIT-MP 1.15 1.22 (*1)
FrontISTR 5.0b 5.1.1 (*1)
GENESIS 1.3.0_gpu 1.5.1_gpu (*1)
3.3.0 3.4.0 (*1)
MODYLAS 1.0.4 1.1.0β (*1)
NTChem 2013-10.1 2013-11.1 (*1)
OpenMX 3.8.5 3.9.2 (*1)
PHASE/0 2018.01.01 2019.02 (*1)
SALMON 1.2.1 2.0.0 (*1)

 

*1: 昨年度末の時点で既に現在のTSUBAMEにインストールされておりましたが、メンテナンス後はこちらがデフォルトのバージョンとなります。

*2: intel oneAPIのモジュールファイル名は既存のintelのものと同様になります。(例: intel oneAPI compiler 21.1.1: intel/21.1.1)
     デフォルトはintel oneAPIではないものになります。

*3: CUDA 11.2ランタイムがインストールされますが、ドライバはCUDA 10.2を引き続き使用します。このため、デフォルトバージョンは10.2のままとなります。

*4:llvmはclangに含まれているため、別途インストールはしません。最新のllvmを使うにはclangモジュールをご利用下さい。

*5:schrodinger 2021-1はSLES12SP4ではサポート外であることにご注意下さい。デフォルトバージョンはOSがサポートされている 2020.2 になっております。

2. 進学等で学籍番号が変更となる場合、ログイン名が変更となります

ログイン名が自動で変更されておりますのでご注意ください。登録したSSH公開鍵等は引き続き利用可能です。

参考リンク:アカウントのログイン名

3. 2021年度の競争的資金や共同研究契約に基づいた研究による利用の申請の受付を開始しました

手続きの詳細はこちらをご覧ください。

4. (学内ユーザ向け) インタラクティブジョブ専用キューの使い方が変更になりました

インタラクティブジョブ専用キューへのジョブ投入は昨年度まではqrsh -q interactiveで行っていましたが、スケジューラの構成変更のため、専用コマンドiqrshを使う形に変更となりました。
それ以外のオプション(利用時間指定の-l h_rtなど)、TSUBAMEポータル経由での利用方法は従前と変更ありません。
詳細は利用の手引きをご覧ください。

5. (アクセスカード利用者向け) インタラクティブジョブ専用キューが利用できるようになりました

アクセスカードに基づくTSUBAMEアカウントから、インタラクティブジョブ専用キューを利用できない状態になっておりましたが、今年度より利用できるように設定を変更いたしました。

6. TSUBAMEポータルからcode-server(VS Codeのweb実装)が使えるようになりました

TSUBAMEポータル内、Webアプリケーション実行機能から、code-server (VS CodeをWebブラウザ経由で利用できる実装)の利用が来出るようになりました。
詳細は利用の手引きをご覧ください。

7. LAMMPS, CP2Kの利用方法が変更されました

メンテナンス時のバージョンアップに伴い、以下のフリーウェアの使用方法が変更されましたのでご注意下さい。

  • LAMMPS
    • python/3.6.5のロードが必要になりました
  • CP2K
    • intelモジュールのロードが必要になり、cp2k.poptではなくcp2k.psmpを使用するようになりました

詳細は利用の手引きをご覧ください。

8. (上級者向け) TSUBAMEポータルのWebアプリケーション実行機能でマルチノードジョブが実行できるようになりました

TSUBAMEポータルのWebアプリケーション実行機能で、マルチノードジョブを起動できるようになりました。
(注) Jupyter Labやcode-server自体やその中で動作するプログラムが自動的に高速化されるわけではなく、これらから実行するコードがMPIなどで並列化されている必要があります。この文の意味が分からない場合は、TSUBAMEポイントの無駄になりますので、ノード数を1から変更しないことを強くお勧めします。
詳細は利用の手引きをご覧ください。